了解，特殊食品注册管理司共七大职责：
职责明细
研究拟订保健食品、婴幼儿配方乳粉产品、特殊医学用途配方食品等特殊食品(下称特殊食品注册管理制度并组织监督实施。
研究拟订特殊食品注册管理技术规范并组织实施。
研究拟订特殊食品注册审评、注册检验、功能评价、现场核查等工作规范。
承担特殊食品注册行政审批和备案管理工作。
组织开展与特殊食品注册行政审批、备案管理相关的检查、督导工作。
配合相关司局开展特殊食品管理国际交流、生产经营许可、监督管理、稽查办案等工作。
承办总局交办的其他事项。
特殊食品注册管理司下设三大部门：
综合处-六大职责
组织特殊食品注册管理信息化相关工作。
组织特殊食品注册相关技术支撑体系建设。
组织对特殊食品注册备案相关工作的检查考核工作。
组织研究分析特殊食品注册管理形势、存在问题并提出措施建议。
承担特殊食品管理工作的国际、国内交流与合作等工作。
承担司综合文稿起草、会议组织、公文处理、文书档案、政务信息、督查督办、安全保密、资产管理等综合工作。
注册一处-五大职责
组织拟订保健食品注册行政审批和备案管理制度。
组织拟订保健食品注册、备案技术规范和工作规范。
组织拟订保健食品原料目录和保健功能目录管理制度。
承担保健食品注册行政审批、备案管理及指导工作。
组织开展与保健食品注册行政审批、备案管理相关的检查、督导工作。
注册二处-四大职责
组织拟订婴幼儿配方乳粉产品、特殊医学用途配方食品注册管理制度。
组织拟订婴幼儿配方乳粉产品、特殊医学用途配方食品注册技术规范和工作规范。
承担婴幼儿配方乳粉产品、特殊医学用途配方食品注册行政管理及指导工作。
组织开展与婴幼儿配方乳粉产品、特殊医学用途配方食品注册行政审批相关的检查、督导工作。
专家李芃表示，特殊食品注册管理司整合了食品监管一、二、三司原有的产品注册职能。现行的特殊食品注册制在当前世界范围内属“中国独创”，或对未来中国乃至世界范围的特殊食品准入产生深远影响。
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